多重病原菌檢測是一種先進(jìn)的診斷技術(shù)，它能夠同時(shí)檢測和識別多種病原體，包括細菌、病毒、真菌和寄生蟲(chóng)等。這種檢測方法在感染性疾病的診斷中發(fā)揮著(zhù)至關(guān)重要的作用，特別是在病原體多樣且復雜的情況下，能夠快速準確地確定病原體，從而制定有效的治療方案。

病原宏基因組高通量測序技術(shù)（mNGS）作為一種新型的基因水平檢測技術(shù)，無(wú)需預設、無(wú)需培養、無(wú)偏好性，能夠全面檢測標本中的所有病原體遺傳物質(zhì)（包括DNA和RNA），并進(jìn)行高通量測序。基于生物信息學(xué)算法，該技術(shù)可以與病原數據庫進(jìn)行比對分析，鑒定樣本中病原微生物的種類(lèi)及功能信息，為臨床抗感染提供精準的病原學(xué)證據。

為了規范病原宏基因組高通量測序技術(shù)在臨床本地化檢測中的應用，中國藥師協(xié)會(huì )、中華醫學(xué)會(huì )細菌感染與耐藥防治分會(huì )、國家衛生健康委臨床抗微生物藥物敏感性折點(diǎn)研究和標準制定專(zhuān)家委員會(huì )等權威機構，于2024年1月在《中華預防醫學(xué)雜志》聯(lián)合發(fā)表了《病原宏基因組高通量測序臨床本地化檢測規范專(zhuān)家共識》。該共識在實(shí)驗室符合國家相關(guān)政策法規以及保證檢測方法性能可靠的前提下，對如何在本地開(kāi)展mNGS檢測提出了具體指導意見(jiàn)。

干實(shí)驗的性能確認

當生物信息學(xué)分析流程建立后，需對其進(jìn)行性能確認，可以通過(guò)三類(lèi)數據集進(jìn)行：（1）臨床標本測序數據集：注釋充分、特征明確的臨床標本測序數據（FASTQ或其他格式）；（2）計算機模擬測序數據：利用序列模擬軟件模擬生成測序數據集，要求既要具有與真實(shí)測序數據質(zhì)量相同/相似的技術(shù)參數（文庫片段長(cháng)度分布、測序模式、測序錯誤類(lèi)型及頻率、測序質(zhì)量值、測序深度等），也要盡可能對臨床標本的背景成分信息如宿主核酸、微生物和試劑背景核酸等進(jìn)行模擬；（3）組合數據集：利用序列模擬軟件定量模擬一種或多種目標病原體的測序數據，然后將模擬序列添加到目標病原體陰性標本的真實(shí)測序數據中，形成接近臨床標本的模擬數據集。利用上述數據開(kāi)展性能確認，確定干實(shí)驗流程的主要性能指標，包括準確率、精確率、召回率和 F1-Score（即精確度和召回率的調和平均值）等。如果在比對過(guò)程中出現寄生蟲(chóng)的假陽(yáng)性結果（寄生蟲(chóng)為真核生物，與宿主序列相似度較高，且部分寄生蟲(chóng)基因組數據中存在人源序列的污染），需要考慮設置更高的陽(yáng)性匯報閾值或者對相應寄生蟲(chóng)的基因組數據進(jìn)行清洗。常見(jiàn)的寄生蟲(chóng)匯報閾值為與陰性對照相比RPM 達到 10 倍以上，基因組數據清洗常采用把目標寄生蟲(chóng)基因組單獨與人基因組比對并去除高度同源的序列。

全流程的性能確認

確認 mNGS 濕實(shí)驗和干實(shí)驗全流程對病原體的檢測能力是否能夠達到臨床預期用途。在全流程性能確認中至少應包括革蘭陽(yáng)性菌、革蘭陰性菌、分枝桿菌、絲狀真菌、酵母菌、DNA 病毒、RNA病毒、寄生蟲(chóng)，同時(shí)應關(guān)注胞內菌和難破壁的病原微生物。

性能確認參數可參考《分子診斷檢驗程序性能驗證指南》、《臨床微生物培養、鑒定和藥敏檢測系統的性能驗證》、《病原宏基因組高通量測序性能確認方案》等，建議實(shí)驗室 mNGS 檢測系統應對方法符合率、交叉反應、精密度、準確度、檢出限、抗干擾能力（如針對高人源標本）、穩定性等性能參數進(jìn)行確認。

樣品盤(pán)的制備

樣品盤(pán)要包含模擬參考品和已知病原檢測結果的真實(shí)臨床標本。樣品盤(pán)的設置應嚴格遵循臨床預期用途所涉及的標本類(lèi)型，所含微生物應有代表性，盡可能覆蓋預期用途中的病原體。標準微生物菌株可以選用ATCC或CMCC菌株等。應根據不同標本類(lèi)型來(lái)合理地設置模擬參考品中的人源細胞濃度（如支氣管肺泡灌洗液的人源細胞濃度中位數為 10⁵cells/ml）。模擬參考品中應至少包含革蘭陽(yáng)性菌、革蘭陰性菌、絲狀真菌、酵母菌、分枝桿菌、DNA 病毒、RNA 病毒、寄生蟲(chóng)共 8 類(lèi)病原微生物。在制備模擬參考品前，針對所有待投入微生物進(jìn)行最低檢出限（limit of detection， LoD）研究并確認是否能滿(mǎn)足預期用途中對檢測性能的要求。

......