hCov-NL63-Panel Pseudovirus Standard Reference
CBV30029
| I. 背景 | |
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hCov-NL63最早是在2004年初在荷蘭從一個(gè)7個(gè)月大的嬰兒中從吸出物中分離出來(lái)的。此后，HCoV-NL63的感染已被證明是世界范圍內普遍存在的疾病，并與許多臨床癥狀有關(guān)。診斷包括嚴重的下呼吸道感染，臀部炎和細支氣管炎。HCoV-NL63引起兒童疾病，老年人和免疫功能低下的兒童，在兒童呼吸道感染中占1.0-9.3％。  根據CDC和WHO的介紹，針對HCoV-NL63的核酸診斷一般是針對RdRP (RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N和Gene E， Gene S更多用于對應藥物和疫苗的開(kāi)發(fā)。NCBI收錄序列為JX504050.1，全長(cháng)27553bp，基因編碼4個(gè)結構蛋白：S，M，N和E。 以往針對試劑盒檢測限的性能評價(jià)，一般是選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標準品，用于性能評價(jià)。但是兩者都具有很明顯的確定，首先體外轉錄的RNA，一般是很純，單一，不涉及提取，不符合臨床病毒的微環(huán)境，因此必然造成檢測靈敏度被高估，這也是存在高概率假陰性的主要原因；再次臨床陽(yáng)性病毒，即使是滅活的病毒，也是存在很大的生物安全隱患，因此要求實(shí)驗室級別為P3-P4，大部分開(kāi)發(fā)診斷試劑盒單位都不滿(mǎn)足改要求，另外臨床陽(yáng)性病毒也是來(lái)源很有限，不能被穩定供應，反復用于試劑盒的性能評價(jià)。 |
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| II.產(chǎn)品描述 | |
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有病毒的完整包膜結構，有HCoV-NL63對應的核酸序列，但是生物安全風(fēng)險較低的假病毒標準品，完美的克服了選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標準品的缺點(diǎn)，非常適合用于核酸診斷性能評價(jià)的標準品。 構建過(guò)程：HCoV-NL63基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測（ddPCR） |
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| III. 產(chǎn)品介紹 | |
| 產(chǎn)品名稱(chēng): | hCov-NL63-ORF1ab/RdRP Pseudovirus Standard Reference |
| 對應序列（詳情見(jiàn)附錄）: |
ORF1ab/RdRP（2780bp）、Gene N（1134bp）、Gene E（234bp） |
| 產(chǎn)品規格: | 1ml |
| 拷貝數: | >1x10e7copies/ml |
| 生物安全級別: | P2 |
| 運輸與保存方式: | 干冰運輸，-90 ~ -70°C保存 |
| 有效期: | |
| IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢 | |
| 產(chǎn)品用途: | HCoV-NL63診斷試劑盒性能評價(jià) |
| 產(chǎn)品優(yōu)勢: | •HCoV-NL63的假病毒標準品，區別于以往體外合成的RNA、臨床陽(yáng)性活病毒，完美克服兩者的缺點(diǎn)，真正適合用于試劑盒的性能評價(jià)，包含檢測限、特異性，重復性等；
• 根據HCoV-NL63冠狀病毒的特點(diǎn)，選取了ORF1ab/RdRP（RNA-dependent RNA polymerase）、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合計3個(gè)區段的序列，用于假病毒的包裝，3個(gè)區段很好的表征了HCoV-NL63的特征序列； • 科佰生物設計了ddPCR體系的引物、探針序列，可不需要構建標準曲線(xiàn)的前提下完成對假病毒的QC拷貝數檢測，非常準確表征標準品的拷貝數，而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標準的不準確性； • 假病毒標準品，無(wú)致病性，可再生，質(zhì)控方法可靠，批次間穩定，可以長(cháng)期穩定制備和供應，而且要求實(shí)驗室生物安全級別為P2，滿(mǎn)足很多單位的安全需求。 |
| Ⅴ. 附錄 | |
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ORF1ab/RdRP: 1 agtgttgaca tttcttattt aaacgagcaa ggggttctag tgcagctcga ctagaaccct
61 gtaatggcac ggacatcgat aagtgtgttc gtgcttttga catttataat aaaaatgttt
121 cattcttggg taagtgtttg aagatgaact gtgttcgttt taaaaatgct gatcttaagg
181 atggttattt tgttataaag aggtgtacta agtcggttat ggaacacgag caatccatgt
241 ataacctact taacttttct ggtgctttgg ctgagcatga tttctttact tggaaagatg
301 gcagagtcat ttatggtaat gttagtagac ataatcttac taaatatact atgatggact
361 tggtctatgc tatgcgtaac tttgatgaac aaaattgtga tgttctaaaa gaagtattag
421 ttttaactgg ttgttgtgac aattcttatt ttgatagtaa gggttggtat gacccagttg
481 aaaatgaaga tatacataga gtttatgcat ctcttggcaa aattgtagct agagctatgc
541 ttaaatgcgt tgctctatgt gatgcgatgg ttgctaaagg tgttgttggt gttttaacat
601 tagataacca agatcttaat ggtaactttt atgattttgg tgattttgtt gttagcttac
661 ctaatatggg tgttccctgt tgtacatcat attattctta tatgatgcct attatgggtt
721 taactaattg tttagctagt gagtgttttg tcaagagtga tatttttggt agtgatttta
781 aaacttttga tttgcttaag tatgatttca ctgaacataa agaaaattta ttcaataagt
841 actttaagca ttggagtttt gattatcatc ctaattgtag tgactgttat gatgatatgt
901 gtgttataca ttgtgctaat tttaatacac tatttgctac aactatacca ggtactgctt
961 ttggtccact atgtcgtaaa gtttttatag atggtgttcc acttgttaca actgctggtt
1021 atcattttaa gcaattaggt ttggtttgga ataaagatgt taacacacac tcagttaggt
1081 tgacaattac tgaacttttg caatttgtca ccgacccttc cttgataata gcttcttccc
1141 cagcactcgt tgatcaacgc actatttgtt tttctgttgc agcattgagt actggtttga
1201 caaatcaagt tgttaagcca ggtcatttta atgaagagtt ttataacttt cttcgtttaa
1261 gaggtttctt tgatgaaggt tctgaactta cattaaaaca tttcttcttc gcacagaatg
1321 gtgatgctgc tgttaaagat tttgactttt accgttataa taagcctacc attttagata
1381 tttgtcaagc tagagttaca tataagatag tctctcgtta ttttgacatt tatgaaggtg
1441 gctgtattaa ggcatgtgaa gttgttgtaa caaatcttaa taagagtgct ggttggccat
1501 taaataagtt tggtaaagct agtttgtatt atgaatctat atcttatgaa gaacaggatg
1561 ctttgtttgc tttgacaaag cgtaatgtcc tccctactat gacacagctg aatcttaagt
1621 atgctattag tggtaaagaa cgtgctagaa ctgttggtgg tgtttctctg ttgtctacaa
1681 tgaccacaag acaataccat caaaaacatc ttaaatccat tgttaataca cgcaatgcca
1741 ctgttgttat tggtactacc aaattttatg gtggttggaa taatatgttg cgtactttaa
1801 ttgatggtgt tgaaaaccct atgctcatgg gttgggatta tcccaaatgt gatagagctt
1861 tgcctaacat gatacgtatg atttcagcca tggtgttggg ctctaagcat gttaattgtt
1921 gtactgcaac agataggttt tataggcttg gtaatgagtt ggcacaagtt ttaacagaag
1981 ttgtttattc taatggtggt ttttatttta agccaggtgg tacgacttct ggtgacgcta
2041 gtacagctta tgctaattct atttttaaca tttttcaagc cgtgagttct aacattaaca
2101 ggttgcttag tgtcccatca gattcatgta ataatgttaa tgttagggat ctacaacgac
2161 gtctgtatga taattgctat aggttaacta gtgttgaaga gtcattcatt gatgattatt
2221 atggttatct taggaaacat ttttcaatga tgattctctc tgatgacggt gttgtctgtt
2281 ataacaagga ttatgctgag ttaggttata tagcagacat tagtgctttt aaagccactt
2341 tgtattacca gaataatgtc tttatgagta cttctaaatg ttgggttgaa gaagatttaa
2401 ctaagggacc acatgagttt tgttcccagc atactatgca aatagttgac aaagatggta
2461 cctattattt gccttaccca gatcctagta ggatcttgtc agctggtgtt tttgttgatg
2521 atgttgttaa gacagatgct gttgttttgt tagaacgtta tgtgtcttta gctattgatg
2581 cataccctct ttcaaaacac cctaattctg aatatcgcaa ggttttttac gtattacttg
2641 attgggttaa gcatcttaac aaaaatttga atgagggtgt tcttgaatct ttttctgtta
2701 cacttcttga taatcaagaa gataagtttt ggtgtgaaga tttttatgct agtatgtatg
2761 aaaattctac aatattgcaa
Gene N: ATGGCTAGTGTAAATTGGGCCGATGACAGAGCTGCTAGGAAGAAATTTCCTCCTCCTTCATTTTACATGCCTCTTTTGGTTAGTTCTGATAAGGCACCATATAGGGTCATTCCCAGGAATCTTGTCC CTATTGGTAAGGGTAATAAAGATGAGCAGATTGGTTATTGGAATGTTCAAGAGCGTTGGCGTATGCGCAGGGGGCAACGTGTTGATTTGCCTCCTAAAGTTCATTTTTATTACCTAGGTACTGGACC TCATAAGGACCTTAAATTCAGACAACGTTCTGATGGTGTTGTTTGGGTTGCTAAGGAAGGTGCTAAAACTGTTAATACCAGTCTTGGTAATCGCAAACGTAATCAGAAACCTTTGGAACCAAAGTTC TCTATTGCTTTGCCTCCAGAGCTCTCTGTTGTTGAGTTTGAGGATCGCTCTAATAACTCATCTCGTGCTAGCAGTCGTTCTTCAACTCGTAACAACTCACGAGACTCTTCTCGTAGCACTTCAAGAC AACAGTCTCGCACTCGTTCTGATTCTAACCAGTCTTCTTCAGATCTTGTTGCTGCTGTTACTTTGGCTTTAAAGAACTTAGGTTTTGATAACCAGTCGAAGTCACCTAGTTCTTCTGGTACTTCCAC TCCTAAGAAACCTAATAAGCCTCTTTCTCAACCCAGGGCTGATAAGCCTTCTCAGTTGAAGAAACCTCGTTGGAAGCGTGTTCCTACCAGAGAGGAAAATGTTATTCAGTGCTTTGGTCCTCGTGAT TTTAATCACAATATGGGGGATTCAGATCTTGTTCAGAATGGTGTTGATGCCAAAGGTTTTCCACAGCTTGCTGAATTGATTCCTAATCAGGCTGCGTTATTCTTTGATAGTGAGGTTAGCACTGATG AAGTGGGTGATAATGTTCAGATTACCTACACCTACAAAATGCTTGTAGCTAAGGATAATAAGAACCTTCCTAAGTTCATTGAGCAGATTAGTGCTTTTACTAAACCCAGTTCTATCAAAGAAATGCA GTCACAATCATCTCATGTTGCTCAGAACACAGTACTTAATGCTTCTATTCCAGAATCTAAACCATTGGCTGATGATGATTCAGCCATTATAGAAATTGTCAACGAGGTTTTGCATTAA Gene E: ATGTTCCTTCGATTAATTGATGACAATGGTATTGTCCTCAATTCCATTTTATGGCTCCTTGTTATGATATTTTTCTTTGTGTTGGCAATGACCTTTATTAAACTGATTCAATTGTGTTTTACTTGTC ATTATTTTTTTAGTAGGACATTATATCAACCAGTTTATAAAATTTTTCTTGCTTACCAAGATTATATGCAAATAGCACCTGTTCCAGCTGAAGTACTAAATGTCTAA |
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