I. 背景 | |
2019-nCov作為一種新型冠狀病毒,是一類(lèi)具有囊膜、基因組為線(xiàn)性單股正鏈的RNA病毒,該病毒采集自不同地區患者的病毒樣本相關(guān)序列也已發(fā)布至2019新型冠狀病毒信息庫(https://bigd.big.ac.cn/ncov)。NCBI收錄序列為NC_045512.2,全長(cháng)29903bp,基因編碼4個(gè)結構蛋白:S,M,N和E。 為了滿(mǎn)足臨床診斷的需要,截止目前,國家已經(jīng)緊急批準了幾款核酸診斷試劑盒上市,用于臨床診斷,其中多數都是采用RT-PCR的方法,多日的臨床檢測結果顯示,該診斷存在高比例的假陰性問(wèn)題,往往需要多次的檢測,才能被最終驗證,同時(shí)科技部也是應急征集除普通實(shí)時(shí)定量熒光PCR外快速診斷產(chǎn)品,理論上ddPCR、NGS、三代測序都能更好的檢測病毒,同時(shí)監控病毒的變異。 不管是哪一類(lèi)產(chǎn)品,試劑盒的檢測限問(wèn)題,是造成假陰性的最大根源,因此針對診斷產(chǎn)品的檢測限,我們需要認真做每款試劑盒的性能評價(jià)。以往針對檢測限的性能評價(jià),一般是選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標準品,用于性能評價(jià)。但是兩者都具有很明顯的確定,首先體外轉錄的RNA,一般是很純,單一,不涉及提取,不符合臨床病毒的微環(huán)境,因此必然造成檢測靈敏度被高估,這也是存在高概率假陰性的主要原因;再次臨床陽(yáng)性病毒,即使是滅活的病毒,也是存在很大的生物安全隱患,因此要求實(shí)驗室級別為P3-P4,大部分開(kāi)發(fā)診斷試劑盒單位都不滿(mǎn)足改要求,另外臨床陽(yáng)性病毒也是來(lái)源很有限,不能被穩定供應,反復用于試劑盒的性能評價(jià)。 |
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II.產(chǎn)品描述 | |
有病毒的完整包膜結構,有2019-nCov對應的核酸序列,但是生物安全風(fēng)險較低的假病毒標準品,完美的克服了選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標準品的缺點(diǎn),非常適合用于核酸診斷新型冠狀病毒2019-nCov。 構建過(guò)程:2019-nCov基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測(ddPCR) |
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III. 產(chǎn)品介紹 | |
產(chǎn)品名稱(chēng): | 2019-nCoV-Panel2 Pseudovirus |
對應序列(詳情見(jiàn)附錄): |
ORF1ab/RdRP(2995bp)、Gene N (1260bp) |
產(chǎn)品規格: | 1ml |
拷貝數: | |
生物安全級別: | P2 |
運輸與保存方式: | 干冰運輸,-90 ~ -70°C保存 |
有效期: | |
IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢 | |
產(chǎn)品用途: | 2019-nCov核酸診斷試劑盒性能評價(jià) |
產(chǎn)品優(yōu)勢: | • 2019-nCov的假病毒標準品,區別于以往體外合成的RNA、臨床陽(yáng)性活病毒,完美克服兩者的缺點(diǎn),真正適合用于試劑盒的性能評價(jià),包含檢測限、特異性,重復性等;
• 根據新型冠狀病毒的特點(diǎn),選取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合計3個(gè)區段的序列,用于假病毒的包裝,3個(gè)區段很好的表征了2019-nCov的特征序列; • 科佰生物設計了ddPCR體系的引物、探針序列,可不需要構建標準曲線(xiàn)的前提下完成對假病毒的QC拷貝數檢測,非常準確表征標準品的拷貝數,而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標準的不準確性; • 假病毒標準品,無(wú)致病性,可再生,質(zhì)控方法可靠,批次間穩定,可以長(cháng)期穩定制備和供應,而且要求實(shí)驗室生物安全級別為P2,滿(mǎn)足很多單位的安全需求。 |
Ⅴ. 附錄 | |
ORF1ab/RdRP: GTTGTCTGTACTGCCGTTGCCACATAGATCATCCAAATCCTAAAGGATTTTGTGACTTAAAAGGTAAGTATGTACAAATACCTACAACTTGTGCTAATGACCCTGTGGGTTTTACA CTTAAAAACACAGTCTGTACCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCAGTCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTT TGCGGTGTAAGTGCAGCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTATACAGGGCTTTTGACATCTACAATGATAAAGTAGCTGGTTTTGCTAAATTCCTAAA AACTAATTGTTGTCGCTTCCAAGAAAAGGACGAAGATGACAATTTAATTGATTCTTACTTTGTAGTTAAGAGACACACTTTCTCTAACTACCAACATGAAGAAACAATTTATAATT TACTTAAGGATTGTCCAGCTGTTGCTAAACATGACTTCTTTAAGTTTAGAATAGACGGTGACATGGTACCACATATATCACGTCAACGTCTTACTAAATACACAATGGCAGACCTC GTCTATGCTTTAAGGCATTTTGATGAAGGTAATTGTGACACATTAAAAGAAATACTTGTCACATACAATTGTTGTGATGATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATGATTTTGT AGAAAACCCAGATATATTACGCGTATACGCCAACTTAGGTGAACGTGTACGCCAAGCTTTGTTAAAAACAGTACAATTCTGTGATGCCATGCGAAATGCTGGTATTGTTGGTGTAC TGACATTAGATAATCAAGATCTCAATGGTAACTGGTATGATTTCGGTGATTTCATACAAACCACGCCAGGTAGTGGAGTTCCTGTTGTAGATTCTTATTATTCATTGTTAATGCCT ATATTAACCTTGACCAGGGCTTTAACTGCAGAGTCACATGTTGACACTGACTTAACAAAGCCTTACATTAAGTGGGATTTGTTAAAATATGACTTCACGGAAGAGAGGTTAAAACT CTTTGACCGTTATTTTAAATATTGGGATCAGACATACCACCCAAATTGTGTTAACTGTTTGGATGACAGATGCATTCTGCATTGTGCAAACTTTAATGTTTTATTCTCTACAGTGT TCCCACCTACAAGTTTTGGACCACTAGTGAGAAAAATATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAACTGGATACCACTTCAGAGAGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGATGTA AACTTACATAGCTCTAGACTTAGTTTTAAGGAATTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCACTACGTGCTTTTCAGT AGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGGTAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTGAAT TAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTGCTATCAGCGATTATGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGTTGAAGTT GTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGTCATCGTCAACAACCTAGACAAATCAGCTGGTTTTCCATTTAATAAATGGGGTAAGGCTAGACT TTATTATGATTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCATATACAAAACGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATGAATCTTAAGTATGCCATTAGTGCAAAGAATA GAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACCAATAGACAGTTTCATCAAAAATTATTGAAATCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTAGTAATTGGAACA AGCAAATTCTATGGTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAACCCTCACCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGTGATAGAGCCATGCCTAACATGCT TAGAATTATGGCCTCACTTGTTCTTGCTCGCAAACATACAACGTGTTGTAGCTTGTCACACCGTTTCTATAGATTAGCTAATGAGTGTGCTCAAGTATTGAGTGAAATGGTCATGT GTGGCGGTTCACTATATGTTAAACCAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTT TTATCTACTGATGGTAACAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAGAAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTA CGCATATTTGCGTAAACATTTCTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCAAGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAG TTCTTTATTATCAAAACAATGTTTTTATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTGCTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGT GATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGATCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTT AGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCCTAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGATGAGTTAACAGGACACATGTTAG ACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTCAAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAG
Gene N: ATGTCTGATAATGGACCCCAAAATCAGCGAAATGCACCCCGCATTACGTTTGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAACGCAGTGGGGCGCGATCAAAACA ACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGGAAGACCTTAAATTCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACACCAATA GCAGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGACGAATTCGTGGTGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGGG CCAGAAGCTGGACTTCCCTATGGTGCTAACAAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACCAAAAGATCACATTGGCACCCGCAATCCTGCTAACAATGC TGCAATCGTGCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTCTACGCAGAAGGGAGCAGAGGCGGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGTAGTCGCAACAGTT CAAGAAATTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAACTTCTCCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGATGCTGCTCTTGCTTTGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGC AAAATGTCTGGTAAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACTGTCACTAAGAAATCTGCTGCTGAGGCTTCTAAGAAGCCTCGGCAAAAACGTACTGCCACTAAAGCATACAATGTAAC ACAAGCTTTCGGCAGACGTGGTCCAGAACAAACCCAAGGAAATTTTGGGGACCAGGAACTAATCAGACAAGGAACTGATTACAAACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCCCCCA GCGCTTCAGCGTTCTTCGGAATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACACCTTCGGGAACGTGGTTGACCTACACAGGTGCCATCAAATTGGATGACAAAGATCCAAATTTCAAAGAT CAAGTCATTTTGCTGAATAAGCATATTGACGCATACAAAACATTCCCACCAACAGAGCCTAAAAAGGACAAAAAGAAGAAGGCTGATGAAACTCAAGCCTTACCGCAGAGACAGAA GAAACAGCAAACTGTGACTCTTCTTCCTGCTGCAGATTTGGATGATTTCTCCAAACAATTGCAACAATCCATGAGCAGTGCTGACTCAACTCAGGCCTAA |